Несмотря на свою молодость, Богданов был известен российским философским кругам — он активно сотрудничал в ведущем в конце XIX — начале XX в. журнале «Вопросы философии и психологии» и, в частности, опубликовал в нем в 1903–1904 гг. три статьи, вошедшие затем в «Эмпириомонизм»: «Идеал познания» (1903. № 2), «Жизнь и психика» (1903. № 4 и 5) и «Психический подбор» (1904. № 3 и 4). Тем не менее профессиональные российские философы проигнорировали появление труда Богданова, и лишь партийная социал-демократическая пресса выразила свое отношение к нему: на книгу первую была опубликована рецензия Ортодокс, а на книгу третью — рецензии П. С. Юшкевича, А. М. Деборина и Н. Андреева.
Критики, конечно, нашли в «Эмпириомонизме» много уязвимых мест. Так, по мнению одного из ближайших соратников Г. В. Плеханова — Ортодокс, эмпириомонистические идеи — это новая разновидность ревизионизма. П. С. Юшкевич, российский социал-демократ-меньшевик, посчитал, что в «Эмпириомонизме» Богданова защищается точка зрения панпсихизма и притом в самом идеалистическом смысле «Эмпириомонизма».
Богданов ответил на эту критику. В частности, он отметил, что Ортодокс, соглашаясь с ним в том, что всякая социальность, всякое «общение» людей предполагает их психическую деятельность, подменила слово «психология» понятием «идеология», в результате чего получилось, что у Богданова якобы все социальное — идеологично. Это утверждение, конечно, не выдерживает критики (см. с. 240; здесь и далее в круглых скобках в тексте указываются страницы настоящего издания).
П. С. Юшкевич, выступивший в начале XX в. с концепцией эмпириосимволизма, близкой по идеям конвенционализму А. Пуанкаре, свой тезис о панпсихизме Богданова пытался обосновать, дав свою интерпретацию одного из ключевых понятий «Эмпириомонизма» — «непосредственные комплексы». По Богданову, непосредственные комплексы — это наименее организованные комплексы элементов, лежащие в основе Вселенной, они нейтральны — не физические и не психические. Юшкевич же посчитал, что «непосредственные» элементы Богданова «лежат на одной линии с „психическими“ комплексами: они только до последней степени упрощенные и опустошенные психические комплексы». Отсюда и получился вывод о том, что у Богданова «психическое пожирает физическое». Отвечая на эту критику, Богданов отметил, что из принятых Юшкевичем посылок в равной степени можно сделать и противоположный вывод: психическое есть только упрощенное и опустошенное физическое, значит, что и «физическое пожирает психическое». С логикой у критика здесь явно не все в порядке, подчеркнул Богданов.
Вскоре с резкой критикой философских воззрений А. А. Богданова выступили руководители Российской социал-демократической партии Г. В. Плеханов (1908–1910) и В. И. Ленин (1909). И Плеханов, и Ленин — несмотря на их глубокие партийно-политические разногласия — были единодушны в своих оценках эмпириомонизма, который для них был не попыткой построения философии современного естествознания на принципах марксистской философии, как считал Богданов, а реакционным субъективно-идеалистическим философским учением, заслуживающим самого решительного осуждения.
Выйдя из тюрьмы в конце 1906 г., Богданов вновь возвратился к революционной деятельности и в 1907 г. выехал за границу, где вместе с В. И. Лениным и И. Ф. Дубровинским вошел в состав тройки по редактированию большевистского центрального органа «Пролетарий». Именно в это время в редакции «Пролетария» разгорелись резкие споры между Богдановым и Лениным — сначала по некоторым вопросам тактики российской социал-демократии в условиях поражения Первой русской революции, а затем — и здесь позиции спорящих сторон стали непримиримыми — по проблемам понимания сути и путей развития марксистской философии. В этих спорах Ленин получил поддержку со стороны других влиятельных деятелей российской социал-демократии, и в результате Богданов был в июле 1909 г. выведен из состава редакции «Пролетария» и из Большевистского центра, а в январе 1910 г. на пленуме ЦК РСДРП — из Центрального комитета партии.
В 1909 г. Богданов вместе со своими единомышленниками, в число которых в то время входили М. Горький, влиятельные члены РСДРП А. В. Луначарский, В. А. Базаров и другие, сначала организовал на острове Капри (Италия) «Высшую социал-демократическую школу», а затем группу «Вперед», которые дистанцировались от ленинского «Пролетария» и ставили перед собой задачи культурного воспитания пролетариата на основе богдановской идеи «пролетарской культуры». Оба эти начинания Богданова не привели к успеху: в школе на Капри шли постоянные политические споры, и в конечном итоге большинство находящихся в этой школе рабочих-революционеров уехали к Ленину в Париж; группа «Вперед» под влиянием одного из ее членов, Г. Алексинского, начала открытую борьбу против Центрального комитета РСДРП, и Богданов был вынужден ее покинуть. Итог всего этого был печальный для Богданова: он практически отошел от революционной работы. В сложившейся ситуации Богданов сосредоточился на реализации своих творческих — научных и философских — планов.
Издав «Эмпириомонизм», Богданов посчитал целесообразным прояснить, а возможно, и более четко изложить некоторые проблемы, занимающие важное место в его эмпириомонистической концепции. В результате во второй половине первого десятилетия появились следующие его работы: «Чего искать русскому читателю у Эрнста Маха?» (1907), «Страна идолов и философия марксизма» (1908), «Философия современного естествоиспытателя» (1909), а также ответы на критику Плеханова и Ленина — «Приключения одной философской школы» (1908) и «Падение великого фетишизма. Вера и наука» (1910). Несколько позже, в 1914 г., Богданов написал книгу «Десятилетие отлучения от марксизма», которая не была сразу издана в связи с начавшейся Первой мировой войной, она опубликована только в 1995 г.