Богданов представлял особое направление в русском марксизме, которое сложилось на базе его переосмысления в духе социального активизма (к нему примыкали также В. А. Базаров, А. В. Луначарский и др.). Признавая за К. Марксом заслугу открытия научного понимания общества, сторонники этого направления видели в философии марксизма не столько учение о познании «объективных законов», сколько теорию социальной организации окружающего нас мира. В качестве субъекта, творящего мир, они в отличие от классического субъективизма XVIII–XIX вв. рассматривали не некоторое абстрактное я, а социальные коллективы (прежде всего классы), природа которых характеризовалась исходя из учения о классовой борьбе и классовой идеологии.
«Эмпириомонизм» Богданова начинается статьей «Идеал познания», весь пафос которой направлен против «старой метафизики», понимающей субъекта с его познанием как замкнутый на себя мир со своими собственными понятиями и законами. Будучи противником любого субъективизма в гносеологии, он противопоставляет этому взгляду «социально-генетическую» точку зрения на природу и сущность познания. Так, категория пространства в кантовской философии, по Богданову, является «абстрактным пространством», не связанным ни с какими конкретными физиологическими, психическими восприятиями. Это «всеобщая» и «чистая» форма созерцания, пространство, не подвергающееся изменениям, «пространство строгой закономерности, всюду совершенно однообразной». Однако доступное обычному человеческому восприятию пространство (названное Богдановым вслед за Махом «физиологическим пространством»), возникающее из обыденного опыта, также явно ограничено, как и «пространство априористов». Вместе с тем оба подхода к проблеме пространства являются предпосылками «социальной организованности» человеческого опыта, который в реально-жизненном, социально-историческом его понимании должен гармонизировать противоречия между ними. Концептуально эмпириомонизм и призван обеспечить оптимальное соотношение между познанием и опытом, устранить дуализм между ними. По словам Богданова, это лишь «общая схема» эмпириомонизма. Для того чтобы достичь «монистического миросозерцания», необходимо последовательное проведение в жизнь указанной «познавательной тенденции». Однако этому препятствует наличное антагонистическое устройство общества, разделенного на классы, основанного на господстве и подчинении, конкуренции и разделении труда. Все это препятствует реализации эмпириомонистического мировоззрения, имеющего шанс претвориться в жизнь лишь в «обществе высшего типа, с коллективно-организованным трудом, с устраненными внутренними противоречиями». В этом и видится Богданову идеал познания, дающий «полноту жизни» и основанный на «гармонически организованном коллективном опыте».
Универсализм Богданова, представленный в эмпириомонистической версии марксизма, противостоит его иной, «объективистской» разновидности, выдвинувшей идею постепенной трансформации капитализма путем улучшающих его социальных реформ (Э. Бернштейн, правые социал-демократы). «Активистская» версия марксизма Богданова видела в реформах в лучшем случае побочный, промежуточный продукт классовой борьбы, имеющий лишь относительное значение. Подлинное освобождение трудящихся, с этой точки зрения, мыслилось только через революционную борьбу и революционное преобразование общества. Революция представлялась не только наиболее быстрым и радикальным средством разрешения внутренних противоречий капитализма, но и высшей формой социального творчества, создающего принципиально новые формы жизни. Это отвечало стремлению определенной части революционно настроенных марксистов перенести акценты с «непреложного хода истории» на «делание истории», выдвинуть на первый план проблематику действия и деятельности. Не случайно основные представители «активистского» марксизма политически примкнули к большевикам, образовав самое левое их крыло.
Однако задача перевода социального протеста в радикально революционные формы в философско-методологическом плане могла обосновываться по-разному. Те теоретические решения, которые предлагали Богданов, Базаров, Луначарский, во многих отношениях были слишком радикальными и шли значительно дальше прагматических соображений политики. Активность субъекта простиралась у них за пределы чисто социальной плоскости в плоскость философского учения о бытии и познании. Для целей политической мобилизации и для большевизма как политического течения такая интерпретация марксизма оказалась в конечном счете неприемлемой.
Увлечение Богданова энергетизмом В. Оствальда, а затем учением Э. Маха еще более углубляло его расхождения с Лениным. Эти расхождения резко политизировались, выливаясь в борьбу двух идеологий внутри большевизма. Окончательный разрыв предопределила организация Богдановым и его единомышленниками партийных школ на Капри и в Болонье, которые должны были стать центрами по формированию кадров богдановской фракции. Ленин незамедлительно принимает против своего бывшего союзника, а теперь оппонента самые решительные меры. В 1908 г. им была написана книга «Материализм и эмпириокритицизм», посвященная критике «махистского поветрия» в рядах российских социал-демократов. Одной из главных задач книги было показать несовместимость гносеологии эмпириокритицизма и его модификаций с философией марксизма. Вслед за этим Ленин добивается исключения Богданова из партии за фракционную деятельность (1909).